- Denne sangen har blitt tolket til å handle om problemene i Nord-Irland, men Dave Mustaine har indikert at sangen handler om Israel (Mustaines mor er jødisk selv om han er kristen). I et intervju med Rock Detector sa Mustaine: ''Holy Wars' snakker ikke om noe spesifikt sted i tid. Den snakker ikke om noe land. Den sier bare: 'Ikke se nå til Israel, det kan være DITT hjemland.''
På Israel National Radio sa Mustaine: 'Jeg har nevnt Israel i sanger før, i 'Holy Wars'. Hellige kriger trenger ikke nødvendigvis å starte i Israel. Det kan være hvor som helst. Det er så mange hellige kriger som finner sted i verden akkurat nå uansett. Folk dør for en sak. Det er så utrolig. - Mustaine har forklart at andre halvdel av sangen var inspirert av tegneserien The Punisher , som han elsker (Megadeth-sangen ' Killing Is My Business ... and Business is Good ,' handler om The Punisher ). Når det gjelder den første delen, forklarte han da albumet først ble gitt ut at det handlet om en opplevelse som skjedde i Irland. Sa Mustaine: «Jeg hadde funnet ut at IRA ikke var så tilsynelatende motstandere av engelskmennene som jeg ble fortalt. Likevel var måten som ble beskrevet for meg veldig utvannet. Så jeg skjøt munnen av meg mens jeg var der og sa: 'Denne er for saken! Anarki i Irland! Gi Irland tilbake til irene!' Jeg fanget mye flack fra engelsk presse, og jeg fanget mye fra irsk... og som jeg gir en f--k for IRA!'
